新一轮审核评估程序包括评估申请、学校自评、专家评审、反馈结论、限期整改、督导复查等六个部分。
一是评估申请。高校需向教育行政部门提出申请，包括选择评估类型和评估时间。中央部门所属高校（包括部省合建高校，下同）向教育部提出申请。地方高校向省级教育行政部门提出申请，其中申请参加第一类审核评估由省级教育行政部门向教育部推荐。
教育部普通高等学校本科教育教学评估专家委员会（以下简称教育部评估专家委员会）审议第一类审核评估参评高校。
二是学校自评。高校成立由主要负责人任组长的审核评估工作领导小组，落实主体责任，按要求参加评估培训，对照评估重点内容和指标体系，结合实际和上一轮评估整改情况，制订工作方案，全面深入开展自评工作，形成《自评报告》并公示。
三是专家评审。评估专家统一从全国审核评估专家库中产生，人数为 15～21 人。原则上，外省（区、市）专家人数不少于评估专家组人数的三分之二、专家组组长由外省（区、市）专家担任。采取审阅材料、线上访谈、随机暗访等方式进行线上评估，在全面考察的基础上，提出需要入校深入考察的存疑问题，形成专家个人线上评估意见。专家组组长根据线上评估情况，确定 5～9 位入校评估专家，在 2～4 天内重点考察线上评估提出的存疑问题。综合线上评估和入校评估总体情况，制订问题清单，形成写实性《审核评估报告》。
通过教育部认证（评估）并在有效期内的专业（课程），免于评估考察，切实减轻高校负担。
四是反馈结论。教育部和各省级教育行政部门分别负责审议《审核评估报告》，通过后作为评估结论反馈高校，并在一定范围内公开。对于突破办学规范和办学条件底线等问题突出的高校，教育部和有关省级教育行政部门要采取约谈负责人、减少招生计划和限制新增本科专业备案等问责措施。教育部每年向社会公布完成审核评估的高校名单，并在完成评估的高校中征集本科教育教学示范案例，经教育部评估专家委员会审议后发布，做好经验推广、示范引领。
五是限期整改。高校应在评估结论反馈 30 日内，制订并提交《整改方案》。评估整改坚持问题导向，找准问题原因，排查薄弱环节，提出解决举措，加强制度建设。建立整改工作台账，实行督查督办和问责制度，持续追踪整改进展，确保整改取得实效。原则上，高校需在两年内完成整改并提交《整改报告》。
六是督导复查。教育部和各省级教育行政部门以随机抽查的方式，对高校整改情况进行督导复查。对于评估整改落实不力、关键办学指标评估后下滑的高校，将采取约谈高校负责人、减少招生计划、限制新增本科专业备案和公开曝光等问责措施。
